和月伸宏の大ヒットコミックをかつてないスケールで実写化したアクション巨編3部作がついに完結! 主人公・剣心役の佐藤健をはじめ、武井咲、青木崇高、蒼井優、江口洋介ら第1作目からの主要メンバーに加え『るろうに剣心 京都大火編』から登場したオールスターキャストが大友啓史監督のもと一挙集結。宿敵・志々雄役の藤原竜也、その腹心・瀬田宗次郎役の神木隆之介、剣心を狙う元御庭番衆・四乃森蒼紫役の伊勢谷友介、さらには前作のラストで衝撃の登場となった比古清十郎役・福山雅治と、佐藤との超絶アクションシーンが繰り広げられる。その豪華さと迫力に行きつく間もない、まさに邦画史に残るアクションエンターテインメントだ。
日本征服を狙う志々雄を阻止するため京都にたどり着いた剣心だったが、連れ去られた薫を救うことができず、海に飲まれてしまう。浜へ打ち上げられた剣心を救ったのは師匠の比古清十郎だった。清十郎から奥義を伝授された剣心は再び志々雄に立ち向かう…!